CHARMM

CHARMM（Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics）は、 標準的な最小化および動力学の機能と、基準振動計算・相関分析・量子力学 および分子力学の複合的手法（QM/MM）等の高度な機能を統合したシミュレーションパッケージです。

CHARMM Development Project

利用環境

• サブシステムA

バージョン	九州大学構成員	学術研究機関構成員	民間利用の方
c42b1	○	－	－

• サブシステムB

バージョン	九州大学構成員	学術研究機関構成員	民間利用の方
c42b1	○	－	－

利用方法

環境設定

実行方法

CHARMM の利用はバッチ処理で行います。

以下は、/home/app/a/CHARMM-c42b1/test/c20test/brbtest.inp と /home/app/a/CHARMM-c42b1/test/stream.inp をコピーして実行するバッチスクリプトの例です。 物理ノードは1、MPI並列数18を指定しています。 解析結果はbrtest.outに出力します。

#!/bin/bash
#PJM -L "rscunit=ito-b"
#PJM -L "rscgrp=ito-g-4-dbg"
#PJM -L "vnode=1"
#PJM -L "vnode-core=18"
#PJM -S

LANG=C

module load charmm/c42b1
export I_MPI_HYDRA_BOOTSTRAP_EXEC=pjrsh
export I_MPI_HYDRA_HOST_FILE=$PJM_O_NODEINF
export I_MPI_DEVICE=rdma
export I_MPI_PERHOST=18

mpirun -n 18 $CHARMM/charmm stream=brbtest.inp < stream.inp >& brbtest.out

上記のスクリプト例では、入力データとscratchディレクトリの位置を指定するファイルdatadir.def を使用しています。 CHARMM の計算で必要な場合は、以下の記述例を参考に作成して下さい。

datadir.def記述例

* CHARMM testcase data directory assignment
*
faster on
set pnode =
if ?numnode .gt. 1 set pnode = node 0
set 0 data/     ! input data directory
set 9 scratch/  ! scratch directory
return
    

• code 0でテストデータの場所を指定しています。 例ではカレントディレクトリを指定しています。 サンプルァイルを実行する場合には /home/app/a/CHARMM-c42b1/test/data のデータファイルををコピーしてください。
• code 9でスクラッチディレクトリを指定しています。 例ではカレントディレクトリを指定しています。 なお、datadir.defで指定するスクラッチディレクトリは事前に作成しておく必要があります。

参考資料

サンプルファイル

CHARMM のサンプルファイルがログインノードの /home/app/a/CHARMM-c42b1/test/ 配下にあります。