GAMESS

最終更新日:2018年5月23日

GAMESS(The General Atomic and Molecular Electronic Structure System)は、 非経験的分子軌道法/密度汎関数理論計算プログラムです。 多種多様な波動関数と基底関数により、分子の化学的特性の計算を行なうことができます。 並列実行も可能です。


利用環境

  • サブシステムA
  • バージョン 九州大学構成員 学術研究機関構成員 民間利用の方
    20 APR 2017(R1)
  • サブシステムB
  • バージョン 九州大学構成員 学術研究機関構成員 民間利用の方
    20 APR 2017(R1)

利用方法

環境設定

$ module load gamess/20170420

作業用ディレクトリ

以下の手順で、作業用ディレクトリをホームディレクトリに作成してください。

$ mkdir ~/scr

入力ファイルの拡張子

GAMESS への入力ファイルの拡張子は、必ず、".inp"にしてください。


実行方法

#!/bin/bash
#PJM -L "rscunit=ito-a"
#PJM -L "rscgrp=ito-s-dbg"
#PJM -L "vnode=4"
#PJM -L "vnode-core=36"
#PJM -L "elapse=30:00"
#PJM -j
#PJM -S

LANG=C

module load gamess/20170420

export I_MPI_HYDRA_BOOTSTRAP_EXEC=pjrsh
export I_MPI_DEVICE=rdma
export I_MPI_PERHOST=36
export I_MPI_DEBUG=5

rm $HOME/scr/*
$GAMESS/rungms exam01 00 144 36

サブシステム名を ito-a に設定
リソースグループを ito-s-dbg に設定
使用するノード数を 4 に設定
ノードあたりコア数指定

標準出力と標準エラー出力を同じファイルに
統計情報を出力

環境設定








作業用ファイルの整理
GAMESS の実行

このスクリプトでは,4ノード(4×36コア)を使用して、exam01.inp を入力データとした 144 並列実行を指定をしています。 GAMESS 実行スクリプト rungms の引数は以下の意味を持っています。

引数番号 説明
第1引数 入力ファイル名(拡張子".inp"を除く)
第2引数 GAMESSのバージョン(00固定)
第3引数 並列度
第4引数 ノードあたりのプロセッサ(コア)数

参考資料

マニュアル

GAMESSのホームページ http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html から、マニュアルを含むの詳細な情報を得ることができます。


テストデータ

テストデータが/home/app/a/GAMESS-20170420/tests/standard/ にあります。