GAMESS
最終更新日:2020年3月10日
GAMESS(The General Atomic and Molecular Electronic Structure System)は、
非経験的分子軌道法/密度汎関数理論計算プログラムです。
多種多様な波動関数と基底関数により、分子の化学的特性の計算を行なうことができます。
並列実行も可能です。
利用環境
- サブシステムA
バージョン |
九州大学構成員 |
学術研究機関構成員 |
民間利用の方 |
20 APR 2017(R1) |
○ |
○ |
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- サブシステムB
バージョン |
九州大学構成員 |
学術研究機関構成員 |
民間利用の方 |
20 APR 2017(R1) |
○ |
○ |
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利用方法
環境設定
$ module load gamess/20170420 |
作業用ディレクトリ
以下の手順で、作業用ディレクトリをホームディレクトリに作成してください。
入力ファイルの拡張子
GAMESS への入力ファイルの拡張子は、必ず、".inp
"にしてください。
実行方法
#!/bin/bash
#PJM -L "rscunit=ito-a"
#PJM -L "rscgrp=ito-s-dbg"
#PJM -L "vnode=4"
#PJM -L "vnode-core=36"
#PJM -L "elapse=30:00"
#PJM -j
#PJM -S
LANG=C
module load gamess/20170420
export I_MPI_HYDRA_BOOTSTRAP_EXEC=pjrsh
export I_MPI_DEVICE=rdma
export I_MPI_PERHOST=36
export I_MPI_DEBUG=5
rm $HOME/scr/*
$GAMESS/rungms exam01 00 144 36
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サブシステム名を ito-a に設定
リソースグループを ito-s-dbg に設定
使用するノード数を 4 に設定
ノードあたりコア数指定
標準出力と標準エラー出力を同じファイルに
統計情報を出力
環境設定
作業用ファイルの整理
GAMESS の実行
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このスクリプトでは,4ノード(4×36コア)を使用して、exam01.inp
を入力データとした 144 並列実行を指定をしています。
GAMESS 実行スクリプト rungms の引数は以下の意味を持っています。
引数番号 |
説明 |
第1引数 |
入力ファイル名(拡張子".inp "を除く) |
第2引数 |
GAMESSのバージョン(00固定) |
第3引数 |
並列度 |
第4引数 |
ノードあたりのプロセッサ(コア)数 |
計算が収束しない場合は以下の環境変数設定を実施の上、計算をお試しください。
$ export I_MPI_ADJUST_ALLREDUCE=7
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参考資料
マニュアル
GAMESSのホームページ
http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html
から、マニュアルを含むの詳細な情報を得ることができます。
テストデータ
テストデータが/home/app/a/GAMESS-20170420/tests/standard/
にあります。