GROMACS

GROMACSは、スウェーデンを中心に世界各国に広がるメンバーで構成されたチームで開発されている分子力学・動力学計算シミュレーションプログラムです。 GPLライセンスのもとで利用可能ですが、機能の豊富さや高速性についても非常に高い評価を得ています。

利用環境

• サブシステムA

バージョン	九州大学構成員	学術研究機関構成員	民間利用の方
2016.3	○	○	－
2018.1	○	○	－
2019.6	○	○	－
2020.6	○	○	－
2021.5	○	○	－

• サブシステムB

バージョン	九州大学構成員	学術研究機関構成員	民間利用の方
2016.3	○	○	－
2018.1	○	○	－
2019.6	○	○	－
2020.6	○	○	－
2021.5	○	○	－

利用方法

環境設定

2016.3を利用する場合（CPU版）

2016.3を利用する場合（GPU版）

2018.1を利用する場合（CPU版）

2018.1を利用する場合（GPU版）

2019.6を利用する場合（CPU版）

2019.6を利用する場合（GPU版）

2020.6を利用する場合（CPU版）

2020.6を利用する場合（GPU版）

2021.5を利用する場合（CPU版）

2021.5を利用する場合（GPU版）

Gromacsは基本的にバッチ処理で行います。

バッチ処理（MPI並列）

#!/bin/bash
#PJM -L "rscunit=ito-b"
#PJM -L "rscgrp=ito-g-4-dbg"
#PJM -L "vnode=1"
#PJM -L "vnode-core=36"
#PJM -j
#PJM -S

LANG=C

module load gromacs/2016.3-cpu

export I_MPI_HYDRA_BOOTSTRAP_EXEC=pjrsh
export I_MPI_HYDRA_HOST_FILE=$PJM_O_NODEINF
export I_MPI_DEVICE=rdma
export I_MPI_PERHOST=4

export OMP_NUM_THREADS=4
mpirun -n 4 $GMXBIN/gmx_mpi mdrun -nsteps 1000 -deffnm ion_channel >& test.log

• サブシステムBのリソースグループito-g-4-dbgを指定しています。
• 計算実行前に必ずmodule load gromacs/2016.3-cpuを実行する必要があります。
• 入力ファイルとしてion_channel.tprを指定しています。

バッチ処理（GPU版利用）

#!/bin/bash
#PJM -L "rscunit=ito-b"
#PJM -L "rscgrp=ito-g-4-dbg"
#PJM -L "vnode=1"
#PJM -L "vnode-core=36"
#PJM -S

LANG=C

module load gromacs/2016.3-gpu
cd $PJM_O_WORKDIR
export I_MPI_HYDRA_BOOTSTRAP_EXEC=pjrsh
export I_MPI_HYDRA_HOST_FILE=$PJM_O_NODEINF
export I_MPI_DEVICE=rdma
export I_MPI_PERHOST=4

export OMP_NUM_THREADS=4
mpirun -n 4 $GMXBIN/gmx_mpi mdrun -gpu_id "0123" -nsteps 1000 -deffnm ion_channel >& test.log

• サブシステムBのリソースグループito-g-4-dbgを指定しています。
• 計算実行前に必ずmodule load gromacs/2016.3-gpuを実行する必要があります。
• 入力ファイルとしてion_channel.tprを指定しています。

参考資料

マニュアル

• Gromacsウェブサイト
• Gromacsオンラインマニュアル（英語）