AMBER

最終更新日：2024年7月2日

AMBERはカリフォルニア大学のコールマン教授らのグループによって開発されたモデリングおよび分子力学・動力学計算シミュレーションプログラムのパッケージです。 溶媒水分子の配置や電荷のフィッティングを行なうビルダーモジュールなどのプログラムが多数用意されています。

利用環境

• サブシステムA

• サブシステムB

サイトライセンス（九州大学限定）

• AMBER キャンパスサイトライセンス （伊都/ 病院/ 筑紫/ 大橋）

利用方法

環境設定

AMBER CPU版を利用する場合

$ module load gcc
$ module load impi
$ module load amber

AMBER GPU版を利用する場合

$ module load gcc
$ module load impi
$ module load cuda
$ module load amber-cuda

実行方法

AMBER CPU版の場合

#!/bin/bash

#PJM -L rscgrp=a-batch
#PJM -L node=2
#PJM --mpi proc=240
#PJM -L elapse=2:00:00
#PJM -j

module load gcc
module load impi
module load amber

mpiexec -n $PJM_MPI_PROC pmemd.MPI -O -i mdin

• 2ノード使用、240プロセスで計算しています。
• 入力ファイルとしてmdinを指定しています。
• pmemd parallel version を使用しました。他の版は以下を参考にしてください。

sander serial version

mpiexec sander -O -i mdin

pmemd serial version

mpiexec pmemd -O -i mdin

sander parallel version

mpiexec -n $PJM_MPI_PROC sander.MPI -O -i mdin

AMBER GPU版の場合

#!/bin/bash

#PJM -L rscgrp=b-batch
#PJM -L node=1
#PJM --mpi proc=4
#PJM -L elapse=2:00:00
#PJM -j

module load gcc
module load impi
module load cuda
module load amber-cuda

mpirun -map-by ppr:4:node pmemd.cuda.MPI -O -i mdin

• 1ノード専有使用、4プロセス、4GPUで計算しています。
• 入力ファイルとしてmdinを指定しています。
• pmemd parallel version を使用しました。