GROMACS

最終更新日：2024年8月2日

GROMACSは、スウェーデンを中心に世界各国に広がるメンバーで構成されたチームで開発されている分子力学・動力学計算シミュレーションプログラムです。 LGPLライセンスのもとで利用可能ですが、機能の豊富さや高速性についても非常に高い評価を得ています。

利用環境

• サブシステムA

• サブシステムB

利用方法

環境設定

2024.2を利用する場合（CPU版）

$ module load intel/2024.1
$ module load impi
$ module load gromacs/2024.2

2024.2を利用する場合（GPU版）

$ module load gcc-toolset
$ module load cuda
$ module load ompi-cuda
$ module load gromacs-cuda

Gromacsは基本的にバッチ処理で行います。

バッチ処理（MPI並列）

#!/bin/bash

#PJM -L rscgrp=a-batch
#PJM -L node=1
#PJM --mpi proc=32
#PJM -L elapse=2:00:00
#PJM -j

module load intel/2024.1
module load impi
module load gromacs

export OMP_NUM_THREADS=2

mpiexec gmx_mpi mdrun -deffnm ion_channel

• 1ノード使用、32プロセス、1プロセス2スレッドを指定しています。
• 入力ファイルとしてion_channel.tprを指定しています。

バッチ処理（GPU版利用）

#!/bin/bash

#PJM -L rscgrp=b-batch
#PJM -L node=1
#PJM --mpi proc=4
#PJM -L elapse=2:00:00
#PJM -j

module load gcc-toolset
module load cuda
module load ompi-cuda
module load gromacs-cuda

export OMP_NUM_THREADS=2

mpirun -map-by ppr:4:node gmx_mpi mdrun -deffnm ion_channel

• 1ノード使用（ノード専有）、4プロセス、1プロセス2スレッド、4GPUを指定しています。
• 入力ファイルとしてion_channel.tprを指定しています。

参考資料

マニュアル

• Gromacsウェブサイト
• Gromacsオンラインマニュアル（英語）