LAMMPS

最終更新日：2024年7月1日

LAMMPSはオープンソースの汎用古典分子動力学アプリケーションソフトウェアです。ソフトマター（高分子、コロイド、生体分子など）、固体（金属、半導体など）、メゾスコピック系などの様々な系において動力学計算ができ、一般的な粒子のシミュレーターとしても利用可能です。

LAMMPS

利用環境

• サブシステムA

• サブシステムB

インストールされているパッケージ:
ASPHERE BODY CLASS2 COLLOID COMPRESS CORESHELL DIPOLE EXTRA-FIX EXTRA-PAIR
GRANULAR INTEL KSPACE MANYBODY MC MISC MOLECULE MPIIO OPT PERI PYTHON QEQ
REAXFF REPLICA RIGID SHOCK SPIN SRD

利用方法

環境設定

CPU版を利用する場合

$ module load intel/2023.2
$ module load impi
$ module load lammps

$ lmp_mpi -h
で詳細情報を確認できます。

GPU版を利用する場合

$ module load gcc-toolset
$ module load cuda
$ module load ompi-cuda
$ module load lammps-cuda

バッチ処理（サブシステムA）

#!/bin/bash

#PJM -L rscgrp=a-batch
#PJM -L node=2
#PJM --mpi proc=60
#PJM -L elapse=2:00:00
#PJM -j

module load intel/2023.2
module load impi
module load lammps
export OMP_NUM_THREADS=4
mpiexec lmp_mpi -in LAMMPS.in > output

• 2ノード使用、1ノード当たり60プロセス、1プロセス2スレッドを指定しています。
• インプットファイルとしてLAMMPS.in を指定、標準出力はoutputに書き込みしています。

バッチ処理（サブシステムB：GPU対応）

#!/bin/bash

#PJM -L rscgrp=b-batch
#PJM -L node=1
#PJM --mpi proc=4
#PJM -L elapse=2:00:00
#PJM -j

module load gcc-toolset
module load cuda
module load ompi-cuda
module load lammps-cuda

mpirun lmp_mpi -sf gpu -pk gpu 4 -in LAMMPS.in > output

• 1ノード使用、1ノード当たり4プロセス、4GPUを指定しています。