Gaussian

最終更新日：2024年8月28日

Gaussian は Carnegie-Mellon 大学の Pople を中心として開発された分子軌道計算プログラムパッケージです。プログラム構造の明解さ、計算の安定性から急速に普及し，広く計算化学の分野で利用されている世界的に著名なアプリケーションソフトウェアです。

利用環境

Gaussian 16 Rev.C 01は、GENKAIのGPU(H100)に未対応となっており、現在GPU計算ができません。

ノードグループA, B, C, ログインノード

バージョン	九州大学構成員	学術研究機関構成員	民間利用の方
16 C.01	○	○	○

サイトライセンス（九州大学限定）

Gaussian キャンパスサイトライセンス（箱崎・病院/ 伊都/ 筑紫/ 大橋）
GaussianView キャンパスサイトライセンス（箱崎・病院/ 伊都/ 筑紫）

利用方法

以下の設定で"g16"を実行できない場合には request[at]iii.kyushu-u.ac.jp

までご連絡下さい。

環境設定

以下はスクラッチファイルの出力先としてホームディレクトリ直下の scratch ディレクトリ(~/scratch)を指定しています。スクラッチファイルの出力先に指定されるディレクトリをご用意の場合は適宜読み替えてください。後述のバッチ処理の例を参考に、複数の計算が同時に実行される場合には異なるディレクトリを指定してください。不要になったスクラッチファイルは削除してください。

$ module load gaussian
$ export GAUSS_SCRDIR=$HOME/scratch

以下の手順で、作業用ディレクトリをホームディレクトリに作成してください。
$ mkdir ~/scratch

Gaussianプログラムの拡張子名

Gaussian のプログラムファイル名は必ず拡張子を".com"としてください。
Gaussian では .comファイルが入力ファイル、.logファイルが出力ファイルです。

処理形態

Gaussian はプログラムの規模によっては、大量のメモリとディスクを消費します。そのため、利用はバッチ処理のみとします。

ノード内複数ジョブを利用する場合

CPUのみ利用の場合（専有）

#!/bin/bash

#PJM -L rscgrp=a-batch
#PJM -L node=1
#PJM -L elapse=2:00:00
#PJM -j

module load gaussian
mkdir $HOME/scratch/$PJM_JOBID
export GAUSS_SCRDIR=$HOME/scratch/$PJM_JOBID

g16 -c=0-31 water.com

CPUのみ利用の場合（共有）

#!/bin/bash

#PJM -L rscgrp=a-batch
#PJM -L vnode-core=32
#PJM -L elapse=2:00:00
#PJM -j

module load gaussian
mkdir $HOME/scratch/$PJM_JOBID
export GAUSS_SCRDIR=$HOME/scratch/$PJM_JOBID

CPULIST=`numactl --show |grep physcpubind |sed "s/ /,/g" |cut -d"," -f2- |sed "s/,$//"`
OPT="-c=$CPULIST"

g16 $OPT water.com

ノード間並列

#!/bin/bash

#PJM -L rscgrp=a-batch
#PJM -L node=2
#PJM -L elapse=2:00:00
#PJM -j

module load gaussian
mkdir $HOME/scratch/$PJM_JOBID
export GAUSS_SCRDIR=$HOME/scratch/$PJM_JOBID

g16 -w="`cat ${PJM_O_NODEINF} | tr "\n" "," | sed s/,$//`" -s=/bin/pjrsh water.com

注意事項

GENKAIで作成したチェックポイントファイルをGaussView(Win版)で読み込めない場合

GENKAI上で作成したチェックポイントファイル（バイナリ）を Windows版のGaussViewで読み込めない可能性があります。
その場合は以下の手順でファイルを変換してお試しください。

1. GENKAI上のチェックポイントファイル(*.chk)をformchkコマンドで
　フォーマット化チェックポイントファイル(*.fck)に変換する。
2. 生成したfckファイルを自分のPCに転送する。
3. 自分のPCのGaussian 16WのUnFchkコマンドでバイナリ化する。(chkファイル生成)
4. 出来たchkファイルをGaussView を使って読み込む。

参考資料

マニュアル

Gaussian Inc. のホームページ https://www.gaussian.com/ から Gaussian の詳細な情報（オンラインマニュアル、製品紹介、解析事例など）を得ることができます。

サンプルプログラム

ログインノードの /home/app/Gaussian/16.C.01/g16/tests/com/ディレクトリにサンプルプログラムがあります。