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Gaussian


最終更新日: 2017年4月6日

Gaussian は Carnegie-Mellon 大学の Pople を中心として開発された分子軌道計算プログラムパッケージです. プログラム構造の明解さ,計算の安定性から急速に普及し, 広く計算化学の分野で利用されている世界的に著名なアプリケーションソフトウェアです.

利用できる環境は以下の通りです.

計算機 ホスト名 バージョン 起動コマンド
高性能演算サーバ tatara Gaussian 16 A.03 g16
高性能演算サーバ tatara Gaussian 09 C.01 / D.01 / E.01 g09

Gaussian Inc. のホームページ http://www.gaussian.com/ から Gaussian の詳細な情報 (オンラインマニュアル,製品紹介,解析事例など)を得ることができます.


■サイトライセンス(九州大学限定)


利用方法

◇ Gaussian プログラムの拡張子名

Gaussian のプログラムファイル名は必ず拡張子を ".com"としてください

◇ 処理形態

Gaussian はプログラムの規模によっては,大量のメモリとディスクを消費します. そのため,利用はバッチ処理のみとします.
バッチ処理の利用方法は,以下を参照ください.

◇ 環境設定

Gaussianが提供するプログラムを実行する際には環境変数の設定が必要となります.
Gaussianおよびformchk等の関連するプログラムを実行する際には,事前に下記のコマンドを実行してください.

sh, ksh, bashの場合

$ source /home/etc/Gaussian16_a03.sh ※16 A.03の場合
$ source /home/etc/Gaussian.sh ※C.01の場合
$ source /homecx/etc/Gaussian_d01.sh ※D.01の場合
$ source /home/etc/Gaussian_e01.sh ※E.01の場合

csh, tcshの場合

$ source /home/etc/Gaussian16_a03.csh ※16 A.03の場合
$ source /home/etc/Gaussian.csh ※C.01の場合
$ source /homecx/etc/Gaussian_d01.csh ※D.01の場合
$ source /home/etc/Gaussian_e01.csh ※E.01の場合

moduleコマンドの場合

$ module load Gaussian16_a03 ※16 A.03の場合

◇ 並列実行

Gaussianプログラムに %NProcShared=n と指定することで, スレッド並列実行を行なうことができます. ただし,並列性能が出ない場合もありますのでご注意願います. また,センターで公開するGaussianは,Lindaによるプロセス並列実行には対応していません.

◇ サンプルプログラム

tataraは/usr/local/g09e01/tests/com ディレクトリにサンプルプログラムがあります. 各自でコピーし利用してください.

Gaussian 16 の場合

/usr/local/g16a03/tests/com/にサンプルプログラムがあります.

◇ バッチリクエストの記述例(tatara)

tataraでは,実行時に必要なファイル群をあらかじめ利用者のホームディレクトリから 計算に使用するバックエンドサーバのローカルファイルシステムに転送し,計算終了時に 必要なファイルを転送する「ステージング」と呼ばれる機能を利用することができます. ステージング機能により,共有ファイルシステムであるホームディレクトリへのアクセスが減るため,頻繁にファイルアクセスを行うようなプログラムでは実行時の性能向上が期待されます.

Gaussian では,.comファイルが入力ファイルであり, .logファイルが出力ファイルであるため, 以下は,これら2つのファイルに対するステージング機能を用いたバッチリクエストの記述例です.なお,スクラッチファイルを保存するなど,他のファイルを用いる場合には,必要なファイルをすべて記述するか, "#PJM --stgin"および"#PJM --stgout"行を削除または コメントアウトしてください.

#!/bin/bash
#PJM -j
#PJM -L "vnode=1"
#PJM -L "vnode-core=16"
#PJM -L "rscgrp=cx-single"
#PJM --stgin "test415.com ."
#PJM --stgout "./test415.log ."

source /home/etc/Gaussian.sh
time g09 test415
使用シェルがbashであることを指定
標準エラー出力と標準出力を同じファイルに書き出す
仮想ノード数を指定
仮想ノードの持つCPUコア数を指定
リソースグループ(cx-single)の指定
Gaussianソースtest415.comをローカルディスクにコピー
出力結果test415.logを計算終了後手元に回収する

Gaussian環境設定
g09コマンドによりジョブを実行(実行時間計測付き)

なお,ノードまたがりのGaussianジョブの実行はできません.

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