AMBER講習会2025

講習会の内容

概要：
Amberは分子力学・動力学計算シミュレーションプログラムのパッケージです。
溶媒水分子の配置や電荷のフィッティングを行なうビルダーモジュールなどのプログラムが多数用意されています。

内容：(実習あり) Jupyter notebookの説明
トポロジーおよび座標ファイルの作成
・タンパク質の力場の読み込み
・アラニン・ジペプチド系の構築
・Amberのprmtopとinpcrd入力ファイルの保存
　　分子動力学計算の実行
・構造最適化の設定入力および実行
・昇温の設定入力および実行
・プロダクション行程の入力および実行
　　ログの解析
　　動力学計算の結果の解析
・トラジェクトリーのRMSD解析
　　Amberパラメーターの詳細
・一般有機分子パラメーターの調製
・PDB形式ファイルの入手およびAmber用に修正
・たんぱく質と有機分子を含む系の構築
シミュレーションの実行

開催日時・会場・定員

2025年10月8日（水）13:00～17:00

九州大学　情報基盤研究開発センター　2階 203多目的教室

◇定員：10名

参加条件

参加資格者は、国内に在住の国公私立大学・高専の教員・学生・研究生、研究機関研究員、企業に所属する研究者・技術者です。
日本国籍もしくは永住権を持たない方、日本の非居住者、特定類型に該当する方は受講できません

申し込み方法

以下のフォームから申し込みください。
お申込みはこちらから
※入力された個人情報は講習会開催にかかる事務処理にのみ利用します。
※申請時にポータルアカウントの入力が必要です。
お持ちでない方はこちらを参考に事前にアカウントを取得ください。
締切：10月6日(月)