１．講習会のお知らせ / Workshop announcement

(English follows Japanese)

九州大学　情報基盤研究開発センター　研究用計算機システムニュース　　 No.586
  　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　2025.09.02


  情報基盤研究開発センター研究用計算機システムＷＷＷホームページ
         https://www.cc.kyushu-u.ac.jp/scp/


１．講習会（10・11月開催）のお知らせ

情報基盤研究開発センターでは以下のとおり講習会を開催します。

     * 申し込みは本記事末尾の申し込みURLをご参照ください。


■Gaussian講習会

日程：10月3日（金）13:30～17:00
場所：オンライン開催(Teams)
内容：

□Gaussian/GaussView 初級セミナー講義形式パート（90分）
・はじめに
　Gaussian/GaussView概要
　計算化学プログラム

・使用するファイル
　ファイル一覧
　入力ファイル/出力ファイル詳細

・計算化学の基礎
　構造最適化(安定状態と遷移状態)
　溶媒効果

・その他の話題
　DFTにおける長距離補正/分散力補正
　よく使うキーワード
　最新版の情報

・休憩（15分）

□Gaussian/GaussView 初級セミナー実習形式パート（90分）
・エタノール分子の構造最適化と基準振動解析
　エタノール分子のモデリング
　計算条件の設定（インプットファイルの作成）
　計算の実行
　計算結果の確認
　　- ログファイル(.log)
　　- チェックポイントファイル(.chk)

・便利な機能　～分子モデリング・分子軌道表示～
　結合距離、結合角、二面角の変更
　コピー＆ペースト
　MO Editor

・遷移状態探索計算
・溶媒効果を取り入れた計算
・質疑応答（15分）

□詳細・申し込み
https://www.cc.kyushu-u.ac.jp/scp/users/event/Gaussian2025.html
※入力された個人情報は講習会開催にかかる事務処理にのみ利用します。

申込締切：9月30日(火)


■AMBER講習会

日程：10月8日（水）13:00～17:00
場所：九州大学　情報基盤研究開発センター　2階 203多目的教室
概要：
Amberは分子力学・動力学計算シミュレーションプログラムのパッケージです。
溶媒水分子の配置や電荷のフィッティングを行なうビルダーモジュールなどのプログラムが多数用意されています。

内容：(実習あり)
Jupyter notebookによる電子ノートブックを作成して作業を行います。

・分子動力学計算概要
・Jupyter notebookの説明
・ペプチド構造の構築
・構造最適化と分子動力学計算(実溶媒中)
・計算ログ解析
・トラジェクトリー解析
・様々なPDBファイルの読み込み
・実習、実例紹介
・Q&A

定員：10名

□詳細・申し込み
https://www.cc.kyushu-u.ac.jp/scp/users/event/AMBER2025.html
※入力された個人情報は講習会開催にかかる事務処理にのみ利用します。

申込締切：10月6日(月)

■AVS/Express講習会

日程：10月14日（火）13:30-16:30
場所：オンライン開催(Teams)
内容：
※第二部の「例」については変わる可能性もございます。


□第一部：基礎演習（13:30-15:00）
　　・AVS/Express 概要、起動方法、基本操作
　　・各種可視化手法（等値面、断面、ベクトル、流線など）
　　　…………＜10分休憩＞…………

□第二部：気象データを例にした可視化例（15:10-16:30）
　　・気象データハンドブックの紹介
　　・地図、地形データの追加（地形データの用意・位置合わせ）
　　・雲の表現（様々なボリューム表示）
　　・アニメーション、動画作成（Animator,連番画像からの動画作成）

□詳細・申し込み
https://www.cc.kyushu-u.ac.jp/scp/users/event/AVS_Express2025.html
※入力された個人情報は講習会開催にかかる事務処理にのみ利用します。

申込締切：10月10日(金)12時

■MATLAB講習会

日程：10月29日（水）～ 31日（金）9:00～17:00（お昼休憩12:00～13:00）
場所：オンライン開催(Teams)
内容：
MATLAB のテクニカル 
コンピューティング環境を総合的に学ぶことができる講習会です。

詳細は下記URLをご覧ください。

https://jp.mathworks.com/learn/training/matlab-fundamentals.html


□詳細・申し込み
https://www.cc.kyushu-u.ac.jp/scp/users/event/MATLAB2025.html

※入力された個人情報は講習会開催にかかる事務処理にのみ利用します。
申込締切：10月27日(月)

■MicroAVS講習会

日程：11月4日（火）13:30～16:30
場所：オンライン開催(Teams)
内容：
□第一部：MicroAVSの基本操作（13:30-15:00）
　　・MicroAVSの起動、終了、データ読み込み方法
　　・基本的な可視化操作
　　・可視化結果の保存（画像、動画、3D AVS Player紹介）

□第二部：MicroAVSデータ、各種可視化紹介（15:10-16:30）
　　・MicroAVSで扱うデータに付いて
　　・MicroAVSのデータ作成方法(FLD,UCD,MGF,支援ツール)
　　・様々な可視化方法の紹介

□詳細・申し込み
https://www.cc.kyushu-u.ac.jp/scp/users/event/MicroAVS2025.html


※入力された個人情報は講習会開催にかかる事務処理にのみ利用します。
申込締切：10月31日(金)12時



[問い合わせ窓口]
九州大学 情報統括本部 HPC事業室
  Mail: request(at)iii.kyushu-u.ac.jp　※(at)は＠に置き換え



(This is translated using the AI translator DeepL)


Kyushu University RIIT Supercomputer News  No.586 (2025.09.02)


         RIIT Supercomputer System Web
         https://www.cc.kyushu-u.ac.jp/scp/



1. Announcement of Workshops (October–November)

The Information Infrastructure Research and Development Center will hold 
the following workshop.

* To apply, please refer to the application URL at the end of this article.


■Gaussian Workshop

Date: October 3 (Fri) 1:30 PM - 5:00 PM
Location: Online (Teams)
Contents

□Gaussian/GaussView Beginner Seminar Lecture (90 minutes)
・Introduction
Overview of Gaussian/GaussView
Computational Chemistry Programs

・Files to be used
List of files
Details of input files/output files

・Basics of Computational Chemistry
Structure Optimization (Stable States and Transition States)
Solvent Effects

・Other Topics
Long-range Correction/Dispersion Force Correction in DFT
Frequently Used Keywords
Latest Information

・Break (15 minutes)

□Gaussian/GaussView Beginner Seminar Practical Session(90 minutes)
・Structural optimization and normal mode analysis of ethanol molecules
Modeling of ethanol molecules
Setting calculation conditions (creating input files)
Executing calculations
Checking calculation results
- Log files (.log)
- Checkpoint files (.chk)

・Useful features - Molecular modeling and molecular orbital display
Changing bond distances, bond angles, and dihedral angles
Copy and paste
MO Editor

・Transition state search calculation
・Calculation incorporating solvent effects
・Q&A (15 minutes)

□ Details & Registration
https://www.cc.kyushu-u.ac.jp/scp/users/event/Gaussian2025.html
※The personal information you provide will only be used for 
administrative purposes related to the workshop.

Application deadline: September 30 (Tue)


■AMBER Workshop

Date: October 8 (Wed) 1:00 PM - 5:00 PM
Location: Multipurpose Room on the Second Floor,Research Institute for 
Information Technology, Kyushu University


Overview:
Amber is a package of molecular mechanics and dynamics simulation programs.
It includes numerous programs such as a builder module for fitting 
solvent water molecule configurations and charges.

Content: (Hands-on session included)
Participants will create electronic notebooks using Jupyter notebooks 
and perform hands-on exercises.
• Overview of molecular dynamics calculations
• Introduction to Jupyter notebooks
• Construction of peptide structures
• Structure optimization and molecular dynamics calculations (in real 
solvents)
• Analysis of calculation logs
• Trajectory analysis
• Importing various PDB files
• Hands-on exercises and case studies
• Q&A

Capacity: 10 participants

□Details and registration
https://www.cc.kyushu-u.ac.jp/scp/users/event/AMBER2025.html
※The personal information you provide will only be used for 
administrative purposes related to the workshop.

Application deadline: October 6 (Mon)

■AVS/Express Workshop

Date: October 14 (Tue) 1:30 PM - 4:30 PM
Location: Online (Teams)
Contents:
*The examples in Part 2 are subject to change.


□Part 1: Basic exercises (1:30 PM - 3:00 PM)
・Overview of AVS/Express, how to start the program, basic operations
・Various visualization methods (contour lines, cross sections, vectors, 
streamlines, etc.)
…………＜10-minute break＞…………

□Part 2: Visualization examples using weather data (3:10 PM - 4:30 PM)
• Introduction to the Meteorological Data Handbook
• Adding maps and terrain data (preparing terrain data and aligning 
positions)
• Cloud representation (various volume displays)
• Animation and video creation (Animator, creating videos from 
sequential images)

□Details and registration
https://www.cc.kyushu-u.ac.jp/scp/users/event/AVS_Express2025.html
※The personal information you provide will only be used for 
administrative purposes related to the workshop.

Application deadline: October 10 (Fri) at 12:00 PM

■MATLAB Workshop

Date: Wednesday, October 29th to Friday, October 31st, 9:00 AM to 5:00 
PM (Lunch break from 12:00 PM to 1:00 PM)
Location: Online
Content:

This workshop provides a comprehensive overview of MATLAB's technical 
computing environment.

For more details, please visit the following URL.

https://jp.mathworks.com/learn/training/matlab-fundamentals.html


□Details and Registration
https://www.cc.kyushu-u.ac.jp/scp/users/event/MATLAB2025.html
※The personal information you provide will only be used for 
administrative purposes related to the workshop.

Application deadline: October 27 (Mon)

■MicroAVS Workshop

Date: November 4(Tue) 1:30 PM - 4:30 PM
Location: Online (Teams)
Content:

□Part 1: MicroAVS Basic Operations (1:30 PM - 3:00 PM)
・Starting, exiting, and loading data in MicroAVS
・Basic visualization operations
・Saving visualization results (images, videos, introduction to 3D AVS 
Player)

□Part 2: Introduction to MicroAVS Data and Various Visualizations (3:10 
PM - 4:30 PM)
・About the data handled by MicroAVS
・Methods for creating MicroAVS data (FLD, UCD, MGF, support tools)
・Introduction to various visualization methods



□Details and Registration
https://www.cc.kyushu-u.ac.jp/scp/users/event/MicroAVS2025.html
※The personal information you provide will only be used for 
administrative purposes related to the workshop.

Application deadline: October 31 (Fri) at 12:00 PM


[Inquiries to:]
HPC Working Group, Information Infrastructure Initiative, Kyushu University
  Mail: request(at)iii.kyushu-u.ac.jp *(at) is replaced by @.