AMBER

最終更新日：2024年11月27日

AMBERはカリフォルニア大学のコールマン教授らのグループによって開発されたモデリングおよび分子力学・動力学計算シミュレーションプログラムのパッケージです。 溶媒水分子の配置や電荷のフィッティングを行なうビルダーモジュールなどのプログラムが多数用意されています。


利用範囲

九州大学構成員 学術研究機関構成員 民間利用の方
OK OK NG


サイトライセンス（九州大学限定）

対象キャンパス内に設置され、九州大学によって所有・リース・運転・管理されている機器へのインストールに関して


モジュール

モジュール名 バージョン
amber 24
amber-cuda 24-12.2.2

モジュールの利用法は以下を参照してください。

モジュール利用法

利用方法


環境設定

AMBER CPU版を利用する場合

$ module load gcc
$ module load impi
$ module load amber

AMBER GPU版を利用する場合

$ module load gcc
$ module load impi
$ module load cuda
$ module load amber-cuda


実行方法

AMBER CPU版の場合

#!/bin/bash

#PJM -L rscgrp=a-batch
#PJM -L node=2
#PJM --mpi proc=240
#PJM -L elapse=2:00:00
#PJM -j

module load gcc
module load impi
module load amber

mpiexec -n $PJM_MPI_PROC pmemd.MPI -O -i mdin
  • 2ノード使用、240プロセスで計算しています。
  • 入力ファイルとしてmdinを指定しています。
  • pmemd parallel version を使用しました。他の版は以下を参考にしてください。

sander serial version

mpiexec sander -O -i mdin

pmemd serial version

mpiexec pmemd -O -i mdin

sander parallel version

mpiexec -n $PJM_MPI_PROC sander.MPI -O -i mdin

AMBER GPU版の場合

#!/bin/bash

#PJM -L rscgrp=b-batch
#PJM -L node=1
#PJM --mpi proc=4
#PJM -L elapse=2:00:00
#PJM -j

module load gcc
module load impi
module load cuda
module load amber-cuda

mpirun -map-by ppr:4:node pmemd.cuda.MPI -O -i mdin
  • 1ノード専有使用、4プロセス、4GPUで計算しています。
  • 入力ファイルとしてmdinを指定しています。
  • pmemd parallel version を使用しました。