AlphaFold2
最終更新日：2025年3月3日
モジュール
| モジュール名 | バージョン |
|---|---|
| alphafold | 2.3.2 |
実行にこのモジュールが必要なわけではなく、module helpコマンドを使うとジョブスクリプトのサンプルの情報が表示されるようになっています。
概要
AlphaFold2はDeepMind社が開発したタンパク質などの立体構造を機械学習技術を用いて予測するソフトウェアです。
- 公式サイト Putting the power of AlphaFold into the world’s hands - Google DeepMind
- 開発リポジトリ google-deepmind/alphafold: Open source code for AlphaFold 2.
利用方法
AlphaFold2の実行時にはデータベースへのアクセスに時間がかかるため、必要なデータベースファイルを高速ストレージ上に用意してあります。用意したデータベースファイルを用いてAlphaFold2を実行するためのジョブスクリプトのサンプルは以下に用意してあります。各自のホームディレクトリにコピーし、必要に応じて修正して利用してください。複数のGPUを利用してもあまり性能が向上しないようですので、1GPUのみを利用するジョブにしてあります。
- monomer model向け
- /home/center/app/alphafold/v2.3.2/samples/run_monomer.sh
- multimer model向け
- /home/center/app/alphafold/v2.3.2/samples/run_multimer.sh
これらのスクリプトの末尾で呼び出されて実際に実行されるスクリプトは以下です。
- /home/center/app/alphafold/v2.3.2/alphafold/bin/alphafold
実行時のオプションなどがご自身の想定実行とあわない場合はこのスクリプトをコピーし修正して活用してください。高速ストレージ上のデータベースのパス（/fast/center/AFDB/v2.3）もこのファイルに記述されています。この中身は予告なしに更新することがあります。データベースを一部入れ替えて使いたい場合はスクリプト末尾の引数を修正して実行してください。