AlphaFold3

最終更新日：2025年6月2日

モジュール

モジュール名	バージョン
alphafold	3.0.1

実行にこのモジュールが必要なわけではなく、module helpコマンドを使うとジョブスクリプトのサンプルの情報が表示されるようになっています。

概要

AlphaFold3はDeepMind社が開発したタンパク質などの立体構造を機械学習技術を用いて予測するソフトウェアです。

• 開発リポジトリ google-deepmind/alphafold3: Open source code for AlphaFold 3.

利用方法

AlphaFold3はAlphaFold2と異なりモデルパラメータと配列・構造データベースが明確に分離されています。配列・構造データベースは玄界の高速ストレージ上に配置して参照できるようにしてありますが、モデルパラメータは各自で入手する必要があります。入手するにはGoogle Formsから申請が必要です。
用意したデータベースファイルを用いてAlphaFold3を実行するためのジョブスクリプトのサンプルは以下に用意してあります。各自のホームディレクトリにコピーし、必要に応じて修正して利用してください。

• /home/center/app/alphafold/v3.0.1/samples/job_sample.sh

スクリプトの末尾で呼び出されて実際に実行されるスクリプトは以下です。

• /home/center/app/alphafold/v3.0.1/run_alphafold.py