GROMACS
最終更新日：2024年11月27日
GROMACSは、スウェーデンを中心に世界各国に広がるメンバーで構成されたチームで開発されている分子力学・動力学計算シミュレーションプログラムです。 LGPLライセンスのもとで利用可能ですが、機能の豊富さや高速性についても非常に高い評価を得ています。
利用範囲
| 九州大学構成員 |
学術研究機関構成員 |
民間利用の方 |
| OK |
OK |
OK |
モジュール
| モジュール名 |
バージョン |
|---|
| gromacs |
2024.2 |
| gromacs-cuda |
2024.2 |
モジュールの利用法は以下を参照してください。
モジュール利用法
利用方法
環境設定
2024.2を利用する場合（CPU版）
$ module load intel/2024.1
$ module load impi
$ module load gromacs
|
2024.2を利用する場合（GPU版）
$ module load gcc-toolset
$ module load cuda
$ module load ompi-cuda
$ module load gromacs-cuda
|
Gromacsは基本的にバッチ処理で行います。
バッチ処理（MPI並列）
#!/bin/bash
#PJM -L rscgrp=a-batch
#PJM -L node=1
#PJM --mpi proc=32
#PJM -L elapse=2:00:00
#PJM -j
module load intel/2024.1
module load impi
module load gromacs
export OMP_NUM_THREADS=2
mpiexec gmx_mpi mdrun -deffnm ion_channel
|
- 1ノード使用、32プロセス、1プロセス2スレッドを指定しています。
- 入力ファイルとして
ion_channel.tprを指定しています。
バッチ処理（GPU版利用）
#!/bin/bash
#PJM -L rscgrp=b-batch
#PJM -L node=1
#PJM --mpi proc=4
#PJM -L elapse=2:00:00
#PJM -j
module load gcc-toolset
module load cuda
module load ompi-cuda
module load gromacs-cuda
export OMP_NUM_THREADS=2
mpirun -map-by ppr:4:node gmx_mpi mdrun -deffnm ion_channel
|
- 1ノード使用（ノード専有）、4プロセス、1プロセス2スレッド、4GPUを指定しています。
- 入力ファイルとして
ion_channel.tprを指定しています。
参考資料
マニュアル